La meta original del CGIAB fue crear un ámbito participativo de discusión, coordinación, investigación y acción, con el fin de trabajar en busca de la gestión integral de los recursos hídricos en el ámbito Nacional. Busca despolitizar el debate en torno al tema agua, ofrecer una plataforma académica y técnica a partir de la cual se tomen soluciones adecuadas, e informar a la comunidad local y regional.
Promover, apoyar y generar procesos de construcción y consolidación de de políticas y normas jurídicas orientadas a un uso y aprovechamiento sustentable de las aguas, la biodiversidad y el medio ambiente, y una distribución y goce socialmente equitativo de sus beneficios.